Üsküdar İskele Meydanı’nda yer alan Mihrimah Sultan Külliyesi, Kanuni Sultan Süleyman’ın kızı Mihrimah Sultan tarafından 1543-48 yılları arasında dönemin baş mimarı Mimar Sinan’a yaptırılmıştır. Mihrimah Sultan Camii cümle kapısı üzerindeki kitabede Zilhicce 954/Temmuz 1548 yılında inşanın tamamlandığı yazılıdır. Mimar Sinan’ın, Şehzade Mehmed Külliyesi ile aynı zamanda tamamladığı Külliye, Sinan’ın Üsküdar’daki ilk eseridir.

Boğaz’ın başlangıcında kıyıya çok yakın bir set üzerinde yer alan Mihrimah Sultan Külliyesi; camii, medrese, imaret, tabhane, sıbyan mektebi, han ve çeşme gibi yapılardan oluşmaktadır. Külliyeye sonraki yıllarda iki türbe, çifte hamam ve varlığı gravürlerden tespit edilen ahşap kasır ile muvakkithane eklenmiş; bu yapılardan günümüze sadece camii, medrese ve sıbyan mektebi gelebilmiştir.

Külliyenin merkezinde yer alan ve İskele Camii adıyla da bilinen Mihrimah Camii, merkezi kubbenin üç yarım kubbe ile desteklendiği harim ile kubbelerle örtülü çift revaklı son cemaat yerinden oluşmaktadır. Mihrimah Camii’nde, Şehzade Camii’nde uygulanan dört yarım kubbeli şemadan farklı bir tasarımla girişteki yarım kubbenin kaldırılması, Sinan’ın sonraki yapılarında uygulayacağı yeni mekân tasarımları için bir başlangıç kabul edilmektedir. Cami avlusunda yer alan iki türbeden birinin Mihrimah Sultan’ın çocuklarına ait olduğu düşünülmekte; diğerinin ise 1310-11/M. 1893 yılında vefat eden Sadrazam İbrahim Edhem Paşa’ya ait olduğu bilinmektedir. Caminin kıble yönündeki haziresinde klasik döneme ait mezar taşları ve sandukalar yer almaktadır. Bunlardan en eskisi, H. 961-62/M. 1554 yılına tarihlenen, Rüstem Paşa’nın kardeşi Kaptan-ı Derya Sinan Paşa’ya ait olanıdır.

Camiinin doğusunda yer alan, kubbeli bir dershane ve on altı talebe hücresinden oluşan medrese, 1961 yılında sağlık merkezine dönüştürülmek üzere restore edilerek özgün iç mekân özelliklerini kaybetmiştir. Sıbyan Mektebi ise kışlık ve yazlık olmak üzere kubbeyle örtülü bir dershane ile kubbeli açık eyvandan ibarettir. Yapının kışlık dershanesi sonraki yıllarda yapısal müdahalelere uğrayarak farklı işlevlerle kullanılmıştır.

Dindar kişiliği ve hayırseverliği ile tanınan; sahip olduğu serveti şehrin imarı için kullanan Mihrimah Sultan, Üsküdar’daki külliyenin yanı sıra Edirnekapı’da da büyük bir külliye yaptırmıştır.