Kanuni Sultan Süleyman’ın damadı ve devrin sadrazamı Rüstem Paşa tarafından Mimar Sinan’a inşa ettirilmiştir. Yapım yılı 1561 olarak kabul edilen külliyenin Rüstem Paşa’nın vefatının ardından eşi Mihrimah Sultan tarafından tamamlandığı bilinmektedir.
