Fatih İlçesi’nde, Rüstem Paşa Mahallesi’nde, Hasırcılar ve Uzunçarşı caddelerinin kesişiminde, Eminönü çarşı bölgesinde yer almaktadır. Haliç yönünden kent siluetinde önemli bir konumda olan külliye, Kanuni Sultan Süleyman’ın damadı ve devrin sadrazamı Rüstem Paşa tarafından Mimar Sinan’a inşa ettirilmiştir. Yapım yılı 1561 olarak kabul edilen külliyenin Rüstem Paşa’nın vefatının ardından eşi Mihrimah Sultan tarafından tamamlandığı bilinmektedir.

Külliye; cami, çeşme, hazire, dükkânlar, tonozlu depolar ve iki handan meydana gelmektedir.

Külliyenin ana yapısı olan cami; yoğun bir ticaret dokusu içerisinde, alt yapısını dükkân ve mahzenlerin oluşturduğu yüksek bir platform üzerinde yer almaktadır. Eski bir Bizans kilisesinden dönüştürülen Attar Halil Mescidi’nin yerine inşa edildiği bilinen cami, klasik Osmanlı mimarisinin önde gelen yapılarındandır. Sekiz paye ile dört köşede yer alan yarım kubbelerin meydana getirdiği sekizgen bir kaideye oturan ana kubbe, Sinan’ın payitahtta bir veziriazam için inşa ettiği en büyük kubbe olarak bilinir. Sekiz destekli merkezi kubbeli şemanın ilk örneğini oluşturan yapı dikdörtgen planlıdır. Güney yönde ticari yapılarla çevrili bir seyir meydanı, batı yönde hazire, kuzey yönde çeşme yer alır. Kuzeybatı köşedeki minare tek şerefelidir.

Rüstem Paşa Camii, Sinan tarafından inşa edilen camiler içinde çini süslemenin en yoğun olarak kullanıldığı yapıdır. Öyle ki bu nedenle İznik’e ısmarlanan çinilerin yeterli gelmeyeceği anlaşılınca Kütahya’da çini atölyesi tesis ettirilmiştir. Caminin içini ve son cemaat duvarını kaplayan natüralist üsluplu bitkisel kompozisyonlu çiniler, desen ve teknik açıdan klasik dönemin en başarılı örnekleri arasında yer alır.

Yol kotundaki dükkânlar ve depolar, tonozlu üst örtüleri ve sivri kemerli açıklıkları ile caminin üzerinde yükseldiği platformu oluştururlar. Caminin Haliç yönünde yer alan Büyük ve Küçük Rüstem Paşa, diğer adıyla Büyük ve Küçük Çukur Han’lar, külliyenin diğer ticaret yapılarını meydana getirir.

Osmanlı tarihinde önemli bir şahsiyet olan Rüstem Paşa’nın Saraybosna yakınlarından devşirilen Hırvat asıllı bir çoban olduğu rivayet edilmektedir. Enderunda yetişen Rüstem Paşa, devletin çeşitli kademelerinde görev almıştır. Zengin bir kütüphaneye sahip olan paşanın çok sayıda hayratı mevcuttur. Kanuni’nin damadı olup, dönemin en uzun süre görevde kalan veziriazamı olmuştur. Adı siyasal entrikacılık ve rüşvet suçlamaları ile de anılmıştır.