Üsküdar’da Şemsipaşa semtinde, Üsküdar – Harem sahil yolu üzerinde deniz kenarında, Topkapı Sarayı’nın karşı konumunda bulunmaktadır. Külliye, avlunun kuzeydoğusunda yer alan cami ve cami kitlesine bitişik Şemsi Ahmet Paşa’nın türbesi, ve batı ve güney yönünde avluyu saran medreseden oluşur. Denizle iyi ilişki kuran avlusu ve asimetrik konumlanmış cami öğesi külliyenin önemli parçalarıdır. Külliye, caminin giriş kapısı üzerinde şair Ulvi’nin sülüs hatlı kitabesine göre 1580’de Şemsi Ahmet Paşa tarafından Mimar Sinan’a yaptırılmıştır. Klasik Osmanlı Üslubuna göre inşa edilen külliyenin güneydoğuda kara tarafında ve kuzeyde deniz tarafında olmak üzere iki girişi vardır. Ön avluda girişin sağında yer alan hazirede Şemsi Paşa’nın yakınlarına ait mezarlar bulunmaktadır.

Mimar Sinan, külliyeleri içinde en küçüğü olan Şemsi Paşa Külliyesi’ni hayatının sonlarına doğru tasarlamıştır. Külliyede Osmanlı klasik mimarisinin sade çözümlü bir örneği sergilenmiş, bu mimarinin ötesindeki yerleşme düzeni ile zamanını aşan bir mekân kavramı ortaya koyulmuştur. Şemsi Paşanın, Sinan’ın bir diğer deniz kenarı yapısı Mihrimah Sultan Külliyesi’ne göre, deniz seviyesinde ve denizle iç içe yaşayacak şekilde yerleştirilmiştir.

Külliyenin batısında Şemsi Paşa’nın külliyeden daha erken bir tarihte yaptırdığı sarayın bulunduğu bilinmektedir. Bugün külliyenin batısında var olan kalıntıların sarayın hamamının su deposuna ait olduğu sanılmaktadır.

Halk arasında “Kuşkonmaz Camii” olarak da bilinen cami, 8 x 8 m. ölçüsünde kare planlı ve tek kubbelidir. Dışarıda dört köşe trompu ile tamamlanan kubbe ve yarım kubbelerde oyuk biçimler şişkin ve köşeli biçimleriyle bir arada kullanılmıştır. Cepheleri Küfeki taşıyla yapılmış, revaklarda bulunan baklavalı sütun başlıklar üzerinde bulunan armudi kemerler tepe pencerelerinde tekrar edilmiştir. Ön cephede giriş iç mekânı son cemaat yerine doğrudan bağlanmış ve yarım kubbelerle oluşan eyvan biçiminin dışarıyla bütünleşmesi sağlanmıştır. Beş sütunun taşıdığı, üzeri düz bir çatı ile örtülü son cemaat yeri kuzeyden Sarayburnu’na kadar uzanan Boğaziçi’ne bakar. Batı köşesinde yükselen minare fazla çıkıntı yapmaz ve duvar kalınlığı içine gizlenir. Sade plan şemasıyla öne çıkan caminin iç mekânı kalem işi süslemelerle bezenmiştir. Mermer mihrap mukarnaslı bezemeye sahiptir.

Medrese binası cami aksına göre açılı ve “L” biçiminde tasarlanmıştır. Burada iki kollu medreseden çıkanların camiye yönelmeleri sağlanmıştır. Dış duvarları taş – tuğla tekniğiyle yapılmıştır. Günümüzde kütüphane olarak kullanılmaktadır.