Külliye, Haliç kıyısındaki girişin sağ tarafında yer alan medrese, karşısında cami, sol tarafında hazire ile çevrili medrese avlusu ve hazirenin merkezi noktasında Zal Mahmut Paşa ve Esma Sultan’a ait türbe ve avlunun Feshane Caddesi’ne çıkan kapısında bulunan bir çeşmeden oluşmaktadır.
Üsküdar İskele Meydanı’nda yer alan Mihrimah Sultan Külliyesi, Kanuni Sultan Süleyman’ın kızı Mihrimah Sultan tarafından 1543-48 yılları arasında dönemin baş mimarı Mimar Sinan’a yaptırılmıştır. Mihrimah Sultan Camii cümle kapısı üzerindeki kitabede Zilhicce 954/Temmuz 1548 yılında inşanın tamamlandığı yazılıdır. Mimar Sinan’ın, Şehzade Mehmed Külliyesi ile aynı zamanda tamamladığı Külliye, Sinan’ın Üsküdar’daki ilk eseridir.
İstanbul Yarımadası’nın Marmara, Boğaziçi ve Haliç’in buluştukları yere uzanan ilk platosu üzerinde bulunan Topkapı Sarayı Osmanlı hanedanının ve imparatorluk tarihinin simgesel ve fiziksel en büyük verisidir. Saray arka arkaya dizilmiş dört ana avlu etrafında şekillenen yapılar topluluğundan oluşmaktadır. Saray-ı Hümayun, Saray-ı Cedide-i Amire, Yeni Saray olarak da anılmaktadır.
Üsküdar’da Şemsipaşa semtinde, Üsküdar – Harem sahil yolu üzerinde deniz kenarında, Topkapı Sarayı’nın karşı konumunda bulunmaktadır. Külliye, avlunun kuzeydoğusunda yer alan cami ve cami kitlesine bitişik Şemsi Ahmet Paşa’nın türbesi, ve batı ve güney yönünde avluyu saran medreseden oluşur.
Şehzade Mehmed Külliyesi, Fatih İlçesi’nde, adını verdiği Şehzadebaşı semtinde, Eski Odalar adıyla bilinen yeniçeri ocağı arazisi üzerine, Kanuni Sultan Süleyman tarafından 1543-1548 yılları arasında Mimar Sinan’a inşa ettirilmiştir.
Külliyenin inşaatı 1548-1557 arasında gerçekleştirilmiştir. Eğitim merkezi, imareti, hastanesi, çevresindeki güzel ve havadar mahallede oturan ekâbiri, Ağa Kapısı ve Eski Saray gibi yapıları, sultanların cuma namazları için sık sık gelmeleri, çarşı bölgesine yakınlığı ve Haliç’e bakan dış avlusu ile Osmanlı döneminin bu en büyük külliyesidir.
Sinan Paşa Camii, Sadrazam Rüstem Paşa’nın kardeşi Kaptan-ı Derya Sinan Paşa tarafından yaptırılmıştır. Külliye Sinan Paşa’nın ölümünden sonra, kitabesine göre 963/1555’te bitirilmiştir. Aynı tarih avludaki şadırvanın kitabesinde de bulunmaktadır.
Kanuni Sultan Süleyman’ın damadı ve devrin sadrazamı Rüstem Paşa tarafından Mimar Sinan’a inşa ettirilmiştir. Yapım yılı 1561 olarak kabul edilen külliyenin Rüstem Paşa’nın vefatının ardından eşi Mihrimah Sultan tarafından tamamlandığı bilinmektedir.
Piyale Paşa Külliyesi, II. Selim’in damatlarından Kaptan-ı Derya Piyale Paşa tarafından 1573 yılında inşa ettirilmiştir. Mimarının Sinan olduğu görüşü bazı araştırmacılar tarafından benimsenmemekle birlikte yaygın olanı külliyenin Sinan eseri olduğu yönündeki yaklaşımdır.
Eyüpsultan İlçesi’nde, Nişancı Mahallesi’nde, Eyüp Nişanca Caddesi ile Sarı Samur Sokağı’nın kesişiminde yer alan yapı, 16. yüzyılda Nişancı Celâlzâde Mustafa Çelebi tarafından Mimar Sinan’a inşa ettirilmiştir.